在分子生物学研究中，限制性内切酶（Restriction Endonucleases）是不可或缺的工具，它们能够特异性地识别并切割DNA中的特定序列。这些被识别的DNA片段被称为“酶切位点”或“限制性酶切位点”。理解这些位点的结构与功能，对于基因克隆、基因组测序以及重组DNA技术具有重要意义。

限制性内切酶通常来源于细菌，其作用机制是为了防御外来病毒的入侵。这类酶能识别双链DNA中特定的碱基序列，并在该位置进行切割。大多数限制性内切酶识别的是回文结构的DNA序列，这种对称性使得酶能够从两端同时切割，形成平末端或粘性末端。

例如，EcoRI是一种常见的限制性内切酶，它识别的序列是GAATTC，并在G和A之间切割，产生5'端为G的粘性末端。这种特性使得EcoRI在构建重组DNA时非常有用，因为它可以与其他同样使用EcoRI切割的DNA片段进行连接。

不同种类的限制性内切酶识别不同的序列，有的识别4个碱基，有的识别6个甚至更多。这些差异使得科学家可以根据实验需求选择合适的酶。此外，一些酶还具有星号活性（star activity），即在非标准条件下可能会识别并切割其他相似的序列，这在某些实验中可能需要特别注意。

为了更高效地利用限制性内切酶，研究人员常常借助生物信息学工具来预测目标DNA中的酶切位点。这些工具基于已知的酶切序列数据库，能够快速筛选出适合实验的酶，从而提高实验的成功率和效率。

总之，限制性内切酶及其识别序列在现代分子生物学中扮演着关键角色。深入理解这些酶的作用机制与识别模式，不仅有助于基础研究，也为基因工程和生物技术的发展提供了重要支持。